Les technologies dites «omiques» telles que la génomique et le séquençage de l’ADN à grande échelle permettent de générer des quantités importantes de données pour en faire des analyses approfondies.

Techniques "omiques"

Métagénomique

Étude du contenu génétique d'un échantillon issu d'un environnement complexe ne provenant pas d'un milieu de culture :
 

  • Génomique de populations microbiennes (16S, Shotgun).
     

  • Génomique comparative : génomes bactériens et viraux.
     

  • Caractérisation de résistomes (ensemble de gènes de résistance d’une population bactérienne).

Génomique
  • Génomique comparative de génomes bactériens et viraux.
     

  • Technologies de PCR.
     

  • Séquençage (ADN et /ou protéique).
     

  • Étude génétique des phyla bactériens et viraux.
     

  • Épidémiologie moléculaire.

Protéomique
  • Analyse des patrons de production des protéines d'agents pathogènes dans un environnement donné.

 

 

Transcriptomique
  • Analyse des patrons d’expression des gènes (ARN) d'agents pathogènes dans un environnement donné (micropuces, biopuces (microarray), séquençage d'ARN).

Nanotechnologies

Biopuces à ADN pour les gènes de virulence E. coli, gènes de résistance aux antibiotiques de bactéries  Gram + et Gram - (microarray et biopuce panviral).

 

  • qPCR.
     

  • qRTPCR.
     

  • OpenArray® nanofluidic real-time PCR (TaqMan assays).

 

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